BIOTEKNIK

Building a tool that maps genes in cells

BIOTECH CartaNA’s technology has been described as Google Maps for finding how specific genes are expressed in the body. The technique is set to have a major impact on accelerating the development of new drugs.

– Vi brukar prata om tekniken som en slags Google Maps för biologisk vävnad. Vår teknik identifierar var de enskilda generna befinner sig i vävnaden, och med hjälp av genuttrycket kan även cellerna identifieras, säger Francesca Bignami, medgrundare till CartaNA.

Teknologin kallas in situ-sekvensering (in-situ-sequencing) och har utvecklats under de senaste tjugo åren vid Mats Nilssons labb vid forskningscentrumet SciLifeLab (Science for Life Laboratory).

In situ-sekvensering kartlägger vilka gener som uttryck i en viss cell, och det görs direkt i själva vävnaden. Genom att analysera cellens DNA kan tekniken visa vilka RNA-molekyler som finns i cellen. Detta kan ge en bättre förståelse av en rad sjukdomar, allt från Alzheimers och Parkinsons sjukdom till cancer.

Resultatet av sekvenseringen visas som fascinerande och färgrika bilder – se bilden ovan som visar delar av en mushjärna.

Väckte snabbt internationell uppmärksamhet

En beskrivning av tekniken publicerades först gången 2013 i en artikel i Nature Biotech och väckte stor internationell uppmärksamhet i forskarvärlden. Snart svämmades labbet över av frågor och samarbetsförslag vilket snabbt väckte idén att kommersialisera tekniken.

Uppgiften gick till Malte Kühnemund som ledde arbetet med att förvandla metoderna till en spridbar produkt. Såväl Kühnemund som medgrundarna Xiaoyan Qian och Thomas Hauling har alla arbetat under Mats Nilssons ledning. Nu kompletterades de av Francesca Bignami som är ingenjör i biomekanik med ett brinnande intresse för innovation och entreprenörskap. Hon lockades till Karolinska Institutet 2011 av ett forskningsprojekt med målet att kartlägga alla innovationer som kommit från lärosätet de senaste 15 åren.

När Francesca tillsammans med de andra grundarna bestämde sig för att starta CartaNA 2017, arbetade hon med sin doktorsexamen vid Enheten för bioentreprenörskap vid KI.

– Min doktorsexamen gav mig möjlighet att lära mig mer om innovationssystemet inom Life science-sektorn i Sverige. CartaNA blev det perfekta tillfället att använda de innovationsteorier som jag studerade under min doktorandutbildning.

Vid starten hade teamet hjälp av KI Innovations företagsinkubator Drive.

– De hjälpte oss att förstå våra svagheter, och vilka resurser vi behövde för att komma vidare. Vi har haft stor hjälp av hela regionens innovationssystem med alla tillgängliga nätverk, säger hon.

– Det finns ingen mellanväg vid starten av ett företag, du måste satsa allt och även jobba kvällar och helger. Men jag klagar inte eftersom jag gillar det.

Uppköpt av 10x Genomics

Styrkan i tekniken och teamet gjorde att CartaNA fick en flygande start, menar Francesca Bignami.

– Utvecklingen inom bioteknologi sker oerhört snabbt just nu, och när vi fick möjligheten att bli en del av 10x Genomics så var det var ett naturligt steg för att kunna fortsätta utveckla vår teknik.

Sommaren 2020 köptes CartaNA upp av 10x Genomics, som 2018 även köpte genanalysföretaget Spatial Transcriptomics grundat av Joakim Lundeberg, professor i genteknik vid KTH, och Jonas Frisén, professor i stamcellsforskning vid Karolinska institutet.

– Våra teknologier kompletterar varandra. Båda erbjuder verktyg som kan visa vilka gener som uttrycks i en vävnad men med olika detaljnivåer. Tack vare uppköpet kan vi nu utvecklas vidare tillsammans vid 10x Genomics forskningscenter i Stockholm, säger hon.

Alla tidigare anställda i CartaNA har följt med till 10x Genomics. I dag har Francesca Bignami en affärsutvecklande roll samtidigt som hon har kvar kopplingen till KI, där hon bland annat undervisat andra forskare intresserade av att starta företag.

– Nu hoppas jag kunna dela med mig av min kunskap ytterligare, kanske genom gästföreläsningar till forskare och studenter, säger Francesca Bignami.

Grundare: Malte Kühnemund, Xiaoyan Qian, Mats Nilsson, Francesca Bignami, Thomas Hauling. Ort: Solna/Stockholm. Startår: 2017. Mer info: https://www.cartana.se

“Drive hjälpte oss att förstå våra svagheter, och vilka resurser vi behövde för att komma vidare. Vi har haft stor hjälp av hela regionens innovationssystem med alla tillgängliga nätverk.”

Bygger verktyget som kartlägger cellernas gener

BIOTEKNIK CartaNAs teknik har beskrivits som ett Google maps för att hitta var en viss gen finns uttryckt i kroppen. Tekniken kan få stor betydelse för snabbare utveckling av nya läkemedel.

– Vi brukar prata om tekniken som en slags Google Maps för biologisk vävnad. Vår teknik identifierar var de enskilda generna befinner sig i vävnaden, och med hjälp av genuttrycket kan även cellerna identifieras, säger Francesca Bignami, medgrundare till CartaNA.

Teknologin kallas in situ-sekvensering (in-situ-sequencing) och har utvecklats under de senaste tjugo åren vid Mats Nilssons labb vid forskningscentrumet SciLifeLab (Science for Life Laboratory).

In situ-sekvensering kartlägger vilka gener som uttryck i en viss cell, och det görs direkt i själva vävnaden. Genom att analysera cellens DNA kan tekniken visa vilka RNA-molekyler som finns i cellen. Detta kan ge en bättre förståelse av en rad sjukdomar, allt från Alzheimers och Parkinsons sjukdom till cancer.

Resultatet av sekvenseringen visas som fascinerande och färgrika bilder – se bilden ovan som visar delar av en mushjärna.

Väckte snabbt internationell uppmärksamhet

En beskrivning av tekniken publicerades först gången 2013 i en artikel i Nature Biotech och väckte stor internationell uppmärksamhet i forskarvärlden. Snart svämmades labbet över av frågor och samarbetsförslag vilket snabbt väckte idén att kommersialisera tekniken.

Uppgiften gick till Malte Kühnemund som ledde arbetet med att förvandla metoderna till en spridbar produkt. Såväl Kühnemund som medgrundarna Xiaoyan Qian och Thomas Hauling har alla arbetat under Mats Nilssons ledning. Nu kompletterades de av Francesca Bignami som är ingenjör i biomekanik med ett brinnande intresse för innovation och entreprenörskap. Hon lockades till Karolinska Institutet 2011 av ett forskningsprojekt med målet att kartlägga alla innovationer som kommit från lärosätet de senaste 15 åren.

När Francesca tillsammans med de andra grundarna bestämde sig för att starta CartaNA 2017, arbetade hon med sin doktorsexamen vid Enheten för bioentreprenörskap vid KI.

– Min doktorsexamen gav mig möjlighet att lära mig mer om innovationssystemet inom Life science-sektorn i Sverige. CartaNA blev det perfekta tillfället att använda de innovationsteorier som jag studerade under min doktorandutbildning.

Vid starten hade teamet hjälp av KI Innovations företagsinkubator Drive.

– De hjälpte oss att förstå våra svagheter, och vilka resurser vi behövde för att komma vidare. Vi har haft stor hjälp av hela regionens innovationssystem med alla tillgängliga nätverk, säger hon.

– Det finns ingen mellanväg vid starten av ett företag, du måste satsa allt och även jobba kvällar och helger. Men jag klagar inte eftersom jag gillar det.

Uppköpt av 10x Genomics

Styrkan i tekniken och teamet gjorde att CartaNA fick en flygande start, menar Francesca Bignami.

– Utvecklingen inom bioteknologi sker oerhört snabbt just nu, och när vi fick möjligheten att bli en del av 10x Genomics så var det var ett naturligt steg för att kunna fortsätta utveckla vår teknik.

Sommaren 2020 köptes CartaNA upp av 10x Genomics, som 2018 även köpte genanalysföretaget Spatial Transcriptomics grundat av Joakim Lundeberg, professor i genteknik vid KTH, och Jonas Frisén, professor i stamcellsforskning vid Karolinska institutet.

– Våra teknologier kompletterar varandra. Båda erbjuder verktyg som kan visa vilka gener som uttrycks i en vävnad men med olika detaljnivåer. Tack vare uppköpet kan vi nu utvecklas vidare tillsammans vid 10x Genomics forskningscenter i Stockholm, säger hon.

Alla tidigare anställda i CartaNA har följt med till 10x Genomics. I dag har Francesca Bignami en affärsutvecklande roll samtidigt som hon har kvar kopplingen till KI, där hon bland annat undervisat andra forskare intresserade av att starta företag.

– Nu hoppas jag kunna dela med mig av min kunskap ytterligare, kanske genom gästföreläsningar till forskare och studenter, säger Francesca Bignami.

Grundare: Malte Kühnemund, Xiaoyan Qian, Mats Nilsson, Francesca Bignami, Thomas Hauling. Ort: Solna/Stockholm. Startår: 2017. Mer info: https://www.cartana.se

“Drive hjälpte oss att förstå våra svagheter, och vilka resurser vi behövde för att komma vidare. Vi har haft stor hjälp av hela regionens innovationssystem med alla tillgängliga nätverk.”